DNA samfella

Úr Wikipediu, frjálsa alfræðiritinu
Stökkva á: flakk, leita

DNA samfella (eða samfella) er basaröð litingabúts og röðin fæst þegar stökum DNAröðum, til dæmis úr bútaraðgreiningu á erfðamengi er raðað saman í lengri raðir. Þessar raðir brúa til dæmis heilt gen eða genasvæði. Í sýninu er fjöldi eintaka er af hverjum litning eða litningahluta þannig að einstakir bútar eru raðgreindir oftar en einu sinni. DNA-ið er einnig brotið niður handahófskennt. Þetta tvennt veldur því að einstakar DNA raðir hafa samsvörun sín á milli, og saman þekja þær erfðamengið (eða svæðið sem verið er að raðgreina).

DNA grind (scaffold)[breyta]

Þegar samfellum úr bútaraðgreiningu er raðað saman út frá öðrum upplýsingum en basaröð myndast grind (e. scaffold eða supercontig). Notast er við genakort, raðgreind mRNA og aðrar tiltækar upplýsingar til að raða samfellum í rétta röð og í réttri stefnu í stærri grind sem samsvarar oft heilum litningum eða litningsörmum. Í grindinni eru göt milli samfella sem hægt er að reyna að fylla upp í ef vilji og fjármagn er fyrir hendi. Hægt að staðsetja grindur á litninga til dæmis með litningalitun. Þegar erfðamengi telst raðgreint að fullu á ein genagrind að mynda einn litning eða litningsarm. Slíkt er sjaldgæft.