454 raðgreining

Úr Wikipediu, frjálsa alfræðiritinu
Jump to navigation Jump to search

454 raðgreining er aðferð sem tilheyrir háafkasta DNA-raðgreiningar aðferðum. Með þessari aðferð eru límdar stuttar raðir, viðhengi, (e. adaptors) á DNA-búta svo þeir bindist með basapörun við örsmáar kúlur. Styrkur kúlanna og DNAsins er hafður þannig að sirka ein DNA-sameind bindist á hverja kúlu. Kúlurnar eru síðan settar í olíudropa og PCR-hvarf sett af stað til að auka magn einstakra DNA-búta.

Kúlunum er síðan komið fyrir á plötu með örsmáum holum sem taka einungis eina kúlu stærðar sinnar vegna. Síðan er notast við pyroraðgreiningu (pyro sequencing) til að raðgreina samtímist allar DNA-sameindirnar á plötunni, sem eru fjöldamargar. Pyro-raðgreining byggir á því að við DNA-fjölliðun losnar pyrofosfat (PPi), sulfurylasi umbreytir því svo í ATP sem lúsíferasi notar svo til að framleiða ljós. Aðeins einni gerð af dNTP er hleypt á plötuna í einu og því berst einungis ljós frá þeim holum þar sem tilsvarandi dNTP er bætt við röðina. Styrkur ljósins ræðst svo af fjölda eins núkleotíða í röð. Meðallengd reada er um 400 bp með þessari aðferð en hægt er að raðgreina tæpa milljón reada samtímis samkvæmt heimasíðu framleiðands.

  Þessi líffræðigrein er stubbur. Þú getur hjálpað til með því að bæta við greinina.