Lögmannshlíðarkirkja var vígð á aðventu árið 1860. Hún tilheyrir Glerárprestakalli (Lögmannshlíðarsókn) í Eyjafjarðarprófastsdæmi. Lögmannshlíðarkirkja var sóknarkirkja þar til að Glerárkirkja tók við því hlutverki fyrir Lögmannshlíðarsókn árið 2002.
Þó svo að Lögmannshlíð hafi aldrei verið eiginlegt prestssetur hefur staðið kirkja þar frá fornu fari. Núverandi kirkja er arftaki torfkirkju sem hafði verið reist 1792. Það var Þorsteinn Daníelsson á Skipalóni (1796-1882) sem hafði frumkvæði að kirkjubyggingunni, útvegaði efni og réði smið. Yfirsmiður var Jóhann Einarsson frá Syðri-Haga á Árskógsströnd. Endanlegur reikningur vegna kirkjusmíðarinnar sem var gerður 31. ágúst 1866 sýnir að bygging kirkjunnar kostaði 1.157 ríkisdali og 11 skildinga.
Í vísitasíubók Eyjafjarðarprófastsdæmis er að finna lýsingu Daníels prófasts Halldórssonar frá 1862. Þar er kirkjan sögð 15 og 1/2 al að lengd, byggð á fótstykkjum með bindingsverki allt um kring, klædd að utan með slagborðum og alþiljuð að innan með slagborðum. Smíði á húsinu er sögð vönduð og tekið fram að máttarviðir kirkjunnar séu sterkir.
Með nýrri prestakalla- og sóknaskipan árið 1880 varð Lögmannshlíðarsókn hluti af Akureyrarprestakalli og tilheyrði þá ekki lengur Glæsibæjarprestakalli. Árið 1981 var prestakallinu skipt og nýtt prestakall varð til á Akureyri, Glerárprestakall. Lögmannshlíðarsókn og þar með Lögmannshlíðarkirkja tilheyrðu hinu nýja prestakalli. Lögmannshlíðarkirkju er vel við haldið í dag og fara þar fram stöku sinnum kirkjulegar athafnir og helgihald.
